FreeSurfer3 FreeSurfer Tutorial data 준비 Tutorial 도전을 위해서 우선 tutorial data 를 다운로드 받고, 압축풀고, 원본 압축파일 삭제까지. curl https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/data/tutorial_data.tar.gz -o tutorial_data.tar.gz tar -xzvf tutorial_data.tar.gz rm tutorial_data.tar.gz tutorial 을 위한 환경변수 설정까지 완료. export TUTORIAL_DATA=/path/to/your/tutorial/dir $ ls $TUTORIAL_DATA/ bashrc diffusion_tutorial long-tutorial test_commands.sh.15 buckner_data fsfast-functio.. 2024. 2. 15. FreeSurfer 셋업 설치를 마치고 이제 셋업을 할 시간(https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki//FS7_mac). 오랜만에 xclock 을 보니 반갑네. xclock 실행하고 XQuartz 버전을 확인해보니 2.8.1, 업데이트는 과감하게 생략. 셋업 안내 링크 밑부분에 보면 패키지 사용해서 설치할 때, 보안 설정 관련해서 필요한 추가 작업들도 안내가 되어있다. 참고로 패키지 설치 아니고 tarball 설치할 때는 관리자 권한(sudo privileges) 없이 사용자 홈디렉토리에 설치할 지 관리자 권한 사용해서 시스템 디렉토리(/Applications)에 설치할 지 선택할 수도 있다. bash 또는 Bourne shell 을 사용하라고 하니 MacOS 기본으로 설정해놓은 zsh 대신에 .. 2024. 2. 15. FreeSurfer 설치 근래에 Brain MR 영상 데이터 관련 요청을 받게되면서, 이런 게 있다는 사실만 알고 지내던 FreeSurfer 를 직접 설치 및 사용할 계기가 생겨버렸다. 참고로 FreeSurfer 는 뇌신경영상 데이터의 분석과 시각화를 위한 소프트웨어 패키지이고 Laboratory for Computational Neuroimaging at the Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging 에서 개발되었다고 한다. 요즘은 인공지능 관련 연구들을 하는 사람들이 더 활발하게 사용하고 있는 것 같기도 하고. 설치를 위해 MacOS 환경에서 현재 가장 최신 stable release 인 7.4.1 버전으로 패키지 파일을 다운로드 받았다(https://surfer.nmr... 2024. 2. 15. 이전 1 다음
