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TOPAS Time Features TOPAS User guide 에서 발췌 A Time Feature is a set of parameters that ultimately describes the change of a time feature Value. You provide parameters that define the time function, such as a linear change over time. TOPAS automatically creates a Value parameter for this function (a parameter you don’t define). TOPAS continually updates this Value parameter to the appropriate value for a given time. .. 2023. 12. 6.
TOPAS user extension 사용하기 README.txt 에서 해당 부분만 발췌하면 아래와 같다: Place your TOPAS extension code into a directory that is NOT inside of the topas directory 5c) Build your New TOPAS: Place your TOPAS extension code into a directory that is NOT inside of the topas directory. macOS: we suggest /Applications/topas_extensions Linux: we suggest ~/topas_extensions Newest Macs with the M1 chip: cd /Applications/topas unzip Geant4Head.. 2023. 11. 29.
Job posting 두 개 - 연세암병원, MGH 하나는, 연세의료원 연세암병원 의학물리사 채용공고. 연세의료원 연세암병원 방사선종양학과에서 정규직전환조건으로 의학물리사를 채용한다고 합니다. 지원자격은 석사이상 졸업자 또는 졸업예정자로서 의학물리전문인 자격증 소지자, 방사선종양학과 임상경력자 우대한다고 하네요. 보다 자세한 내용은 연세암병원 의학물리팀 블로그에도 나와있다고 합니다. 온라인 입사지원 기한이 8월 10일까지 라고 하니 관심있는 분들은 도전해보시길! 두 번째는, MGH Post-doctoral position. Havard Medical School의 Harald Paganetti 그룹에서 TOPAS 개발에 참여할 박사후 연구원을 찾는다고 합니다. TOPAS 사용경력과 C++ 를 잘 다루는 사람을 찾는다고 하네요. 관심있는 분들은 CV 와 추.. 2022. 8. 2.
Sourcing vs. Executing a file in bash bash shell에서 파일을 실행할 때 별 생각없이 두 가지 방법들('source file.sh' 그리고 './file.sh')을 섞어서 사용해 왔었는데, TOPAS 3.2 patch02를 새로 설치하고 테스트로 rundemos.csh를 실행하면서 별 생각없이 'chmod u+x rundemos.csh'로 실행 가능 파일로 만들어주고 './rundemos.csh'로 실행을 하려고 하니 자꾸 library를 못찾겠다는 오류가 발생하였다. Library path 설정도 정상적으로 잘 되어있는데... 이상하다 싶어서 'source rundemos.csh' 해보니 아무런 문제없이 마지막 한 줄 까지 잘 실행이 되는 것이다. 'source file.sh' 또는 '. ./file.sh'의 경우에는 현재 실행 중인.. 2020. 3. 22.
Hello TOPAS 임상 업무에 밀려서... 100% 활용은 어림도 없고... 거의 묵혀두고 있는 TOPAS MC. 지난 4월 12일에 릴리즈된 가장 최신 버전 3.1.p3 설치하고 뚝딱 뚝딱.. run_demo 실행하면 언제나 반겨주는 TOPAS geometry example 오늘은 DICOM patient 실행까지 확인하고 마무리. 2018. 5. 15.
TOPAS MC - 반가운 소식 TOPAS는 Geant4 framework를 기반으로 한 particle therapy Monte Carlo (MC) simulation에 특화된 application이다. 텍스트 명령어를 기반으로한 문법을 가지고 있어 상대적으로 손쉬운 모델링이 가능하고 따로 컴파일을 할 필요가 없어서 사용이 매우 편리하다(물론 확장된 user module을 개발하기 위해서는 컴파일을 해야한다). 삼성서울병원에서는 프로젝트 초기부터 alpha/beta user로 참여해온 역사가 있다. 다른 모든 분야에서 그러하듯이, 의학물리 분야에서도 최신 트렌드는 machine learning으로 집중이 되다보니 아무래도 상대적인 관심이 예전보다는 덜하겠지만.. TOPAS MC의 한가지 (치명적인?) 단점이였던... 유료 패키지라는 .. 2018. 4. 21.
MATLAB 에서 TOPAS phase space file (binary) 읽고 쓰기 지난 번에는 TOPAS 에서 생성한 binary 포맷의 phase space file 을 읽어서 분석하기 위한 MATLAB macro 를 포스팅했었는데이번에는 조금 덧붙여서 TOPAS 에서 생성한 binary 포맷의 phase space file 을 읽고 원하는 형태로 data 를 손보고(예를 들어 position 을 1/1000 로 scale-down) 다시 binary file 로 저장하는 macro를 만들어보았다. 첨부파일 참고 2015. 7. 7.