Being a medical physicist31 FreeSurfer Tutorial data 준비 Tutorial 도전을 위해서 우선 tutorial data 를 다운로드 받고, 압축풀고, 원본 압축파일 삭제까지. curl https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/data/tutorial_data.tar.gz -o tutorial_data.tar.gz tar -xzvf tutorial_data.tar.gz rm tutorial_data.tar.gz tutorial 을 위한 환경변수 설정까지 완료. export TUTORIAL_DATA=/path/to/your/tutorial/dir $ ls $TUTORIAL_DATA/ bashrc diffusion_tutorial long-tutorial test_commands.sh.15 buckner_data fsfast-functio.. 2024. 2. 15. FreeSurfer 셋업 설치를 마치고 이제 셋업을 할 시간(https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki//FS7_mac). 오랜만에 xclock 을 보니 반갑네. xclock 실행하고 XQuartz 버전을 확인해보니 2.8.1, 업데이트는 과감하게 생략. 셋업 안내 링크 밑부분에 보면 패키지 사용해서 설치할 때, 보안 설정 관련해서 필요한 추가 작업들도 안내가 되어있다. 참고로 패키지 설치 아니고 tarball 설치할 때는 관리자 권한(sudo privileges) 없이 사용자 홈디렉토리에 설치할 지 관리자 권한 사용해서 시스템 디렉토리(/Applications)에 설치할 지 선택할 수도 있다. bash 또는 Bourne shell 을 사용하라고 하니 MacOS 기본으로 설정해놓은 zsh 대신에 .. 2024. 2. 15. FreeSurfer 설치 근래에 Brain MR 영상 데이터 관련 요청을 받게되면서, 이런 게 있다는 사실만 알고 지내던 FreeSurfer 를 직접 설치 및 사용할 계기가 생겨버렸다. 참고로 FreeSurfer 는 뇌신경영상 데이터의 분석과 시각화를 위한 소프트웨어 패키지이고 Laboratory for Computational Neuroimaging at the Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging 에서 개발되었다고 한다. 요즘은 인공지능 관련 연구들을 하는 사람들이 더 활발하게 사용하고 있는 것 같기도 하고. 설치를 위해 MacOS 환경에서 현재 가장 최신 stable release 인 7.4.1 버전으로 패키지 파일을 다운로드 받았다(https://surfer.nmr... 2024. 2. 15. 아이맥프로에 Segment Anything 설치해보기 현재 사용 중인 아이맥프로에는 macOS version 12.6.5 Monterey 가 설치되어있고 터미널을 열어서 확인해보니 Python 3.9.13 이 설치되어있다. (base) ➜ ~ python --version Python 3.9.13 Anaconda navigator 에서 VS Code 를 실행하고 확인해보니 base environment 에는 Python 3.11.6 이 설치되어있다. 먼저 SAM 이라는 conda environment 를 만들고 활성화 시켜본다. conda create --name SAM python=3.9 conda activate SAM 이제 pytorch 를 설치해본다. conda install pytorch torchvision cpuonly -c pytorch "U.. 2024. 1. 9. 'GNUTLS_3_6_9' not found 관련 업데이트 Geant4 10.7.2 버전의 CentOS 8 가상머신을 다운로드 받아서 컴파일되어있는 topas 3.9 버전을 사용하려고 하다보니 아래와 같은 오류가 발생한다. topas: /home/local1/topasmc/topas/bin/../lib/libgnutls.so.30: version `GNUTLS_3_6_9' not found (required by /usr/lib64/libglib-2.0.so.0) 검색을 해보니 내가 예전에 작성했던 글이 첫 번째로 나온다... 다시 조금 더 찾아보니 libgnutls.so.30 파일을 다른 곳으로 옮겨 놓으라 한다. 훨씬 간단하게 해결하는 방법이 있었네. 2023. 12. 11. TOPAS user extension 사용하기 README.txt 에서 해당 부분만 발췌하면 아래와 같다: Place your TOPAS extension code into a directory that is NOT inside of the topas directory 5c) Build your New TOPAS: Place your TOPAS extension code into a directory that is NOT inside of the topas directory. macOS: we suggest /Applications/topas_extensions Linux: we suggest ~/topas_extensions Newest Macs with the M1 chip: cd /Applications/topas unzip Geant4Head.. 2023. 11. 29. OpenTPS 시도 - 시련은 있어도 실패는 없다 주말에 여러가지 생각의 흐름을 따라 꼬리에 꼬리를 물던 키보드 끝자락이 OpenTPS (http://www.opentps.org/)에 다다르게 되었다. 대부분의 open source project 들이 그러하듯이 비교적 간단한 설치 안내를 보면서, 시키는 대로 문제없이 진행되면 행복하겠지만 한 번 엉키면 쉽지 않을 수도 있겠구나 생각을 했다. 1. 개발 용도로는 추천하지 않는 다는 PyPI 를 이용한 방법을 먼저 시도해보았다. 개발하기 전에 일단 사용을 좀 해보는 것이 하늘의 순리 아니겠는가. 별 고민 없이 pip install opentps 로 설치하고 opentps 실행하니 오류 메시지가 화면을 채운다. 인터넷 검색을 통한 몇 가지 간단한 시도들을 해보았으나 별 소득없이 후퇴. 2. 결국 개발 용도로.. 2023. 11. 20. 이전 1 2 3 4 5 다음
