FreeSurfer 셋업

설치를 마치고 이제 셋업을 할 시간(https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki//FS7_mac).

오랜만에 xclock 을 보니 반갑네. xclock 실행하고 XQuartz 버전을 확인해보니 2.8.1, 업데이트는 과감하게 생략.

셋업 안내 링크 밑부분에 보면 패키지 사용해서 설치할 때, 보안 설정 관련해서 필요한 추가 작업들도 안내가 되어있다.

참고로 패키지 설치 아니고 tarball 설치할 때는 관리자 권한(sudo privileges) 없이 사용자 홈디렉토리에 설치할 지 관리자 권한 사용해서 시스템 디렉토리(/Applications)에 설치할 지 선택할 수도 있다.

bash 또는 Bourne shell 을 사용하라고 하니 MacOS 기본으로 설정해놓은 zsh 대신에 bash.

환경 설정 명령어들은 사용할 때 마다 실행하는 번거로움을 해결하기 위해, 사용자 홈디렉토리에 freesurfer.sh 파일을 새로 만들고 환경 설정 명령어들을 넣어 둔다.

#!/bin/bash
export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer/7.4.1
export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

저장하고 실행하니 정상적으로 작동

-------- freesurfer-macOS-darwin_x86_64-7.4.1-20230614-7eb8460 --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME   /Applications/freesurfer/7.4.1
FSFAST_HOME       /Applications/freesurfer/7.4.1/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR      /Applications/freesurfer/7.4.1/subjects
INFO: /Users/[user]/matlab/startup.m does not exist ... creating
MNI_DIR           /Applications/freesurfer/7.4.1/mni
FSL_DIR           /usr/local/fsl

freeview 어디 있는지도 확인

$ which freeview
/Applications/freesurfer/7.4.1/bin/freeview

freeview 실행까지 해보고 셋업 마무리.