전체 글127 FreeSurfer Tutorial data 준비 Tutorial 도전을 위해서 우선 tutorial data 를 다운로드 받고, 압축풀고, 원본 압축파일 삭제까지. curl https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/data/tutorial_data.tar.gz -o tutorial_data.tar.gz tar -xzvf tutorial_data.tar.gz rm tutorial_data.tar.gz tutorial 을 위한 환경변수 설정까지 완료. export TUTORIAL_DATA=/path/to/your/tutorial/dir $ ls $TUTORIAL_DATA/ bashrc diffusion_tutorial long-tutorial test_commands.sh.15 buckner_data fsfast-functio.. 2024. 2. 15. FreeSurfer 셋업 설치를 마치고 이제 셋업을 할 시간(https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki//FS7_mac). 오랜만에 xclock 을 보니 반갑네. xclock 실행하고 XQuartz 버전을 확인해보니 2.8.1, 업데이트는 과감하게 생략. 셋업 안내 링크 밑부분에 보면 패키지 사용해서 설치할 때, 보안 설정 관련해서 필요한 추가 작업들도 안내가 되어있다. 참고로 패키지 설치 아니고 tarball 설치할 때는 관리자 권한(sudo privileges) 없이 사용자 홈디렉토리에 설치할 지 관리자 권한 사용해서 시스템 디렉토리(/Applications)에 설치할 지 선택할 수도 있다. bash 또는 Bourne shell 을 사용하라고 하니 MacOS 기본으로 설정해놓은 zsh 대신에 .. 2024. 2. 15. FreeSurfer 설치 근래에 Brain MR 영상 데이터 관련 요청을 받게되면서, 이런 게 있다는 사실만 알고 지내던 FreeSurfer 를 직접 설치 및 사용할 계기가 생겨버렸다. 참고로 FreeSurfer 는 뇌신경영상 데이터의 분석과 시각화를 위한 소프트웨어 패키지이고 Laboratory for Computational Neuroimaging at the Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging 에서 개발되었다고 한다. 요즘은 인공지능 관련 연구들을 하는 사람들이 더 활발하게 사용하고 있는 것 같기도 하고. 설치를 위해 MacOS 환경에서 현재 가장 최신 stable release 인 7.4.1 버전으로 패키지 파일을 다운로드 받았다(https://surfer.nmr... 2024. 2. 15. 아이맥프로에 Segment Anything 설치해보기 현재 사용 중인 아이맥프로에는 macOS version 12.6.5 Monterey 가 설치되어있고 터미널을 열어서 확인해보니 Python 3.9.13 이 설치되어있다. (base) ➜ ~ python --version Python 3.9.13 Anaconda navigator 에서 VS Code 를 실행하고 확인해보니 base environment 에는 Python 3.11.6 이 설치되어있다. 먼저 SAM 이라는 conda environment 를 만들고 활성화 시켜본다. conda create --name SAM python=3.9 conda activate SAM 이제 pytorch 를 설치해본다. conda install pytorch torchvision cpuonly -c pytorch "U.. 2024. 1. 9. gparted 사용해서 가성머신(리눅스) home 용량 늘리기 Geant4 가상머신을 다운로드 받아 설치하고 사용하다보면 어김없이 디스크가 부족한 상황을 겪게된다. 가상머신 설정에서 디스크 용량을 늘리는 작업에 추가해서 리눅스 내부적으로도 새로이 파티션 작업(?)이 필요하다. 이 때 편리하게 사용할 수 있는 것이 gparted 프로그램이다. 물론 커맨드 라인에서 작업을 할 수도 있지만 아직은 마우스로 스-윽 설정할 수 있는 GUI 프로그램이 편리하다. 하하하. 2023. 12. 13. CentOS 8 에서 yum install 사용하기 CentOS 8 은 이제 더 이상 지원을 받을 수 없다고 한다, EOL. 그런 전차로 yum 명령어를 사용하면 오류가 발생한다. 나하고는 별 상관이 없을 것이라 생각을 했는데, 여러가지 상황으로 Geant4 10.7.p02 버전의 가상머신을 사용하려고 하니 해당 가상머신 OS 가 CentOS 8 이네... 찾아보니 yum repository 관련 설정을 변경해주면 오류가 해결이 된다고 한다. sed -i 's/mirrorlist/#mirrorlist/g' /etc/yum.repos.d/CentOS-Linux-* sed -i 's|#baseurl=http://mirror.centos.org|baseurl=http://vault.centos.org|g' /etc/yum.repos.d/CentOS-Linux-.. 2023. 12. 12. 'GNUTLS_3_6_9' not found 관련 업데이트 Geant4 10.7.2 버전의 CentOS 8 가상머신을 다운로드 받아서 컴파일되어있는 topas 3.9 버전을 사용하려고 하다보니 아래와 같은 오류가 발생한다. topas: /home/local1/topasmc/topas/bin/../lib/libgnutls.so.30: version `GNUTLS_3_6_9' not found (required by /usr/lib64/libglib-2.0.so.0) 검색을 해보니 내가 예전에 작성했던 글이 첫 번째로 나온다... 다시 조금 더 찾아보니 libgnutls.so.30 파일을 다른 곳으로 옮겨 놓으라 한다. 훨씬 간단하게 해결하는 방법이 있었네. 2023. 12. 11. 이전 1 2 3 4 ··· 19 다음
