misc./Software64 [Python] DICOM 파일 열기 의료영상 관련 데이터들은 국제표준인 DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) 형식을 따른다. DICOM-RT는 방사선종양학과에 특화된 DICOM 의 확장인데 의학물리학자의 임상 업무에서는 깊이 있게 다룰 일이 종종 생기기도 한다. 특히나 요즘과 같이 데이터가 기반이 되는 연구가 유행인 경우에는 더더욱. DICOM 파일을 다루는 소프트웨어들은 정말 다양하게 많은데, 그 중에서 별도의 구매 비용 없이, 그리고 상대적으로 편리하게 다룰 수 있는 가성비 슈퍼갑은 Python 이라고 해도 무리는 아닐 듯 싶다. Python 에는 DICOM 을 다룰 수 있는 라이브러리, Pydicom 이 있어서 어지간한 작업은 모듈에서 제공하는 기능들을 사용하면 다 해결된다.. 2023. 2. 17. MacPorts 이용해서 설치한 Geant4 예제 build 하기 조금 오래된 macOS (High Sierra 10.13.6)에 MacPorts 를 이용해서 Geant4 를 설치해보았다. Xcode 설치와 xcode command line tool 설치 등의 사전 준비를 하고 sudo port install geant4 설치된 버전은 Geant4-10.6.3 이고, /opt/local/share/Geant4 폴더 아래에 Data 와 example, geant4make 등이 위치해 있다. /opt/local/bin 폴더 아래에 geant4.sh, geant4.csh 스크립트가 위치해 있다. /opt/local/lib 폴더 아래에 Geant4 폴더와 관련 하위 폴더들이 위치해 있다. 사용자 home directory 에 'g4work' directory 를 생성하고 그 .. 2022. 8. 15. TOPAS MC 3.7 - 'GNUTLS_3_6_9' 관련 오류 발생할 때 MacOS 에서 이미 XQuartz 버전 및 graphic 관련해서 무언가 엉켜버려서 OpenGL도 제대로 사용못하고, Qt도 beam on 하면 갑작스럽게 종료되는 상황을 방치하다가, 급기야 궁여지책으로 Geant4 Virtual Machine(https://heberge.cenbg.in2p3.fr/G4VM/index.html)을 구해다가 설치해보았다. 설치한 가상머신은 CentOS 8 버전이였고, 해당 OS에 맞추어 가장 최신 버전의 topas 3.7 을 설치해놓고 데모를 실행해보니... 'GNUTLS_3_6_9' 관련 오류가 발생하였다. 사용자 포럼을 찾아보니 library 버전과 관련된 문제인 것으로 보이고 우선 급한대로 실행이 된다고 하는 topas 3.6.1을 다시 설치해 놓으니 데모는 잘 돌.. 2021. 12. 1. Windows PowerShell에서 bash 사용하기 백그라운드로 실행시키기를 포함한 보다 효율적인 터미널 작업들을 하기 위해서 우선 Cygwin을 설치하였다. 그리고 나서 언제부터인가 PowerShell에서 bash를 실행하고 즐겁게(?) 작업을 했었는데... 새로운 윈도우즈 10 PC에서 작업환경을 만들면서 당연하게 Cygwin 설치만 하면 될 줄 알았는데, PowerShell 하고 따로국밥이라 대략 난감한 상황이 발생하였다. 내 PC --> 속성 --> 고급 시스템 설정 --> 고급 --> 환경 변수 --> Path 를 비교해보고; C:\cygwin64\wbin 위의 path를 추가해주니 PowerShell에서 bash 실행이 잘 된다. 이전 PC에서는 어떻게 설정이 된 것인지, 새로운 PC에서는 왜 설정이 안 되어있던 것인지..는 모르겠지만, 아무튼.. 2021. 8. 6. TOPAS version 3.3 release 2020년 3월 25일(미국시간 기준이겠지?)부로 TOPAS version 3.3이 배포되었다. 주말에 3.2 patch2 설치를 했었는데... 내 이럴 줄 알았나... 얼마 전 부터 beta version으로 지원이 되던 Qt GUI를 포함한 정식 release라서 바로 설치하고 테스트를 해보았다: 늘 하던대로 환경 변수들을 설정하는 shell script를 실행하였는데도 topas 실행 파일을 못찾길래, 자세히 보니 새로이 bin directory를 만들고 거기에 topas 실행 파일을 넣어 두었네 - 사실 이게 더 친숙한 구조. Script를 간단히 수정해 주고, 바로 Qt test를 실행해본다. 마우스로 회전 시키면서 살펴 볼 수도 있고 직접 실행도 해 볼 수 있으니, 이제 따로 HepRep vi.. 2020. 3. 26. Sourcing vs. Executing a file in bash bash shell에서 파일을 실행할 때 별 생각없이 두 가지 방법들('source file.sh' 그리고 './file.sh')을 섞어서 사용해 왔었는데, TOPAS 3.2 patch02를 새로 설치하고 테스트로 rundemos.csh를 실행하면서 별 생각없이 'chmod u+x rundemos.csh'로 실행 가능 파일로 만들어주고 './rundemos.csh'로 실행을 하려고 하니 자꾸 library를 못찾겠다는 오류가 발생하였다. Library path 설정도 정상적으로 잘 되어있는데... 이상하다 싶어서 'source rundemos.csh' 해보니 아무런 문제없이 마지막 한 줄 까지 잘 실행이 되는 것이다. 'source file.sh' 또는 '. ./file.sh'의 경우에는 현재 실행 중인.. 2020. 3. 22. binary raw file access 프로젝트 손털기 가벼운 대화에서 시작해서 별다른 생각없이 벌였던 프로젝트 - binary raw file access 프로젝트를 2020년 3월 9일부로 일단락지었다. 2018년 3월에 샘플 파일들과 관련 자료들을 받아놓고는 바쁜 업무에 쫓겨 한동안 거의 손을 못대고 있었다. 육아휴직을 시작하고 한동안은 아무런 생각없이 살기를 실천해오다가, 지난 2019년 가을의 시작과 함께 본격적으로 뚝딱~뚝딱~, 2019년을 보내기 전에 마무리를 해야겠다는 목표로 서둘렀으나... 결국에는 연말을 넘겨야 했다. 그리고는 중국 우한발 COVID-19로 시작된 휴교령은 아직도 진행형이라 짬을 내기는 점점 더 어려워지는 형국인지라... 지난 해에 개발 해놓은 상태에서(binary raw file을 불러와서 간단한 image와 paramet.. 2020. 3. 20. 이전 1 2 3 4 5 6 7 ··· 10 다음
